Nói về Võ Công Tồn, giáo sư Trần Văn Giàu phát biểu: "Võ Công Tồn cùng với Nguyễn An Ninh là hình ảnh của "núi Hai Vì" hai tấm gương lớn về hoạt động cách mạng ở Nam Bộ nửa đầu thế kỷ XX"[2]. Do những đóng góp của mình, ngày 4 tháng 6 năm 1986, ông được Hội đồng Nhà nước Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Việt Nam truy tặng Huân chương Kháng chiến hạng Ba.

Tên ông được đặt cho một con đường tại tỉnh lỵ Long An (theo quyết định số 2554/QĐ-UB ngày 18/10/1997 của UBND tỉnh Long An). Một số đường phố và trường học tại Long An cũng được mang tên ông.

Khu nhà và lò gạch của gia đình ông được Bộ Văn hóa - Thông tin Việt Nam xếp hạng di tích quốc gia theo Quyết định 02/2004/QĐ-BVHTT ngày 19 tháng 1 năm 2004.[3]